宠爱郑氏，不仅封她为贵妃（常洛的生母王氏未封贵妃），还想立朱常洵为太子。内阁大学士王锡爵、沈一贯、方从哲等虽然也主张依制立长，但他们怕触犯皇帝，有时态度暧昧。

许多朝臣包括后来属于东林谠的一派人，一则认为应该依制立储，二则深恐郑氏家族窃权，纷纷上书，坚决要求尽早立皇长子常洛为太子。立长是名正言顺，神宗不好公然违反“祖制”，所以立太子的事拖了几年也定不下来。1593年（万历二十一年）正月，神宗下诏将长子朱常洛和另外两个儿子朱常洵、朱常浩同时封王，而不明确皇位继承人，以便朱常洵仍有被立为太子的机会。包括顾宪成、顾允成兄弟在内的许多廷臣，上奏阻止这一诏令的颁发。神宗迫于公议，于