万历三十二年（1604年）四月，皦生光被判斩首，神宗大怒，改为凌迟，此事就此打住。

后续结果：

皦生光死后，离奇的第二次“妖书案”就此不了了之，“妖书”的真正作者始终没有人知道。妖书案之后，“劫杠案”爆发。

妖书案之后，楚王朱华奎以助工为由，向朝廷贡献万两白银。运送途中，在汉阳被不满朝廷处理方式的楚国宗室朱蕴钤纠集数百人劫走。地方通判等官当场拘捕了带头行劫的宗犯32名，送往狱中。继而楚王宗族群起闹事，突入府院，想要夺回银两和被捕的宗人。副使周应治（鄞县人，任广东参政时在惠州建“天泉书院”，见叶梦熊《天泉书院记》）等无法约束，甚至被殴，只得