在年前这最后一点时间里，皇帝陛下也针对王师系统进行了一次全面改革。原本的行台六军，正式确立为新朝禁卫六军，由天子直统，各军将主加都督号，或值宿于内，或征伐于外，俱由天子决断。

除此之外，各方军伍仍须举荐士伍贤良勇力，并成精军六万为驻洛禁卫，并为六军后补。

同时，多达数十万的王师军队，各依边务督镇划为八大军区，各军区将主号为大都督，专职征讨。大都督下并设军司使掌管征兵练新事宜，军务使掌管钱粮器械，勋务使司职计勋犒慰，三使俱由台中委派，并助大都督镇边定乱讨逆扬威。

原治中各军府府事肃整，专督军屯、制械、征练、给役等事宜，唯各军区用事大小而调度输