始，募兵没有像卫所军那样拥有正式编制，而且往往随着需求扩编或裁员。

募兵完全是战斗部队，不像卫所兵那样需要抽调部分兵员从事屯田人物，募兵的粮食补给，军饷完全来自国家财政直接支出，不用来自屯田所获，而且饷银也比卫所军和民壮要高。

到了嘉靖年间，募兵的骑兵与步兵以及车兵开始拥有正式的编制——营哨制。

一般是五人为一伍，二伍为什，三什为队，三队为哨，五哨为总，五总为营。每营兵员3000人。这是南方明军的营哨编制，北方稍有变动，但大体相当，戚继光的蓟镇陆军编制，十二人为一队，三队为旗，三旗为局，四局为司，二司为部，三部为营，人数也在3000人左右。