来源的军屯，由于贵族军官的侵占日益减少，使粮饷不济，士兵大量逃亡，如广州七卫在嘉靖中期缺额达698，福建镇海卫缺额为761，在数量锐减的同时，士兵士气低落，战斗力严重下降，士兵衣食无着，漫无纪律，军官不知作战，只知道盘剥士兵，官兵互相视若仇敌，可谓“无用之将统无制之兵”。

舰队减少，舰船破损。

卫所军的锐减，也导致水师人员的锐减，如福建烽火门水寨缺额达737，铜山水寨缺额达658，各舰队的舰船数量急剧减少，浙江省船队原有700艘战船，1440已不及一半，新江口船队400艘战舰，至1474仅存140艘，重要水师登州卫，曾拥有100艘战船，1503，只剩下3艘