中除了留下千余人掩护，其余一万二千多叛军及其家属，乘坐百余艘大船，连同军器、枪炮等一应物件从水城北‘门’，由海路突围而去。

孔有德的初步设想是在辽东沿海占据一个地方，武装割据一方。但是，驻守在皮岛、旅顺的明军总兵黄龙率领海军对他们进行了截杀，李九成的儿子李应元被斩杀，‘毛’承禄、陈光福被俘。走投无路的孔有德最终和耿仲明投降了满清。自此，历时十八个月孔有德叛‘乱’结束。

可是虽然明朝平息了叛‘乱’，但明朝的登莱两州，这个辽东前线的后勤练兵基地，被孔有德捣了个稀巴烂，整个山东地区死亡十余万、残破三百里，而且数位朝廷封疆大吏和大批地方官员被杀。这个后援基地被彻底