。申时行还怕有人议论，又正好万历召见他面询其他政务，他就在谈话中插进了“皇上留意河道，拔用旧人，一时在任，皆称谙练”这些话。这谈话纪录一经给事中办公室抄写公布，潘季驯之出任“总督河道兼理军务”一职，也就等于出自皇帝自己的主意，反对他的就不能随便议论了。自此在申时行任首辅的年月中，潘季驯一直负责治河，成绩卓著。而到申时行离开文渊阁以后不久，他也被参劾而再度罢官。

在文渊阁的八年半中间，北方边防没有发生重大事件，也是申时行引以自豪的政绩。其实当时危机并未消失，只是依靠他处理得当，才未酿成大变。159o年，本朝的一员副总兵李联芳在甘肃、青海交界的地方陷于蒙古军队的埋伏，力战身亡